Musztafa 1515-ben született Manisában, édesapja I. Szulejmán, édesanyja pedig Máhidevran Szultána. Gyermekkora nagy részét az Isztambuli Topkapi palotában élte le. 1533-1541-ig Manisa tartomány kormányzója volt. Később 1541-1549-ig Amasya tartomány és a 1549-1553-ig Konya tartomány vezetője. 1547-ben megszületett első fia, feleségétől, Rümejsától. A fiút, Mehmetnek nevezték el. Később született két kislánya, Mihrisá és Handán és utolsó gyermeke Orhán herceg. Az egyre idősödő Szulejmán Szultán uralkodásának végéhez közeledtével, Musztafa testvérei rivalizálásba kezdtek a trón megszerzéséért. Musztafa nagyon jó viszont ápolt féltestvéreivel, ám Hürrem Szultána, Szelim herceg édesanyja, mindent elkövetett, hogy biztosítsa, fia uralmát. Musztafa ellen fordította Rüsztem pasát, az akkori nagyvezírt. Rüsztem egy hamis levél kiadásával meggyőzte a Szultánt, amiben az állt, hogy Musztafa felkelést szít Szulejmán ellen. A terv elérte célját ugyanis a Szultán 1553.október 6-án, Konya településben kivégeztette.